Environnements
Voici la liste de tous les environnements disponibles dans le JupyterHub du CNAM (accessibles via Moodle):
- Bio-informatique
- Standard R-Python
- Deeplearning
- Intechmer
- Mathématiques appliquées
- Octave
- Rstudio
- Spatial
- Territoires et cartographie
- Xeus-cling : kernel C++
Bio-informatique
Identifiant dans Moodle : bioinfo
Interface Jupyter “Lab”.
Langages disponibles pour les notebooks :
- python version 3.7.8
- R version 4.0.2 (2020-06-22) – “Taking Off Again”
► Détails des paquets
| Packages python | Packages R |
| autograd | base=4.0.2 |
| bcftools | broom |
| bokeh | tidyverse |
| bwa | rmarkdown |
| cobra | mass |
| cython | mvtnorm |
| dask | prettydoc |
| dill | reticulate |
| docopt | prettydoc |
| eigensoft | sybil |
| ffmpeg-python | ggraph |
| gatk | ape |
| gcta | graph |
| htseq | igraph |
| ipympl | BiocManager |
| ipywidgets | snpStats |
| java-jdk | biomaRt |
| jupyterlab=2 | DESeq2 |
| jupytext | GWASTools |
| matplotlib | qvalue |
| nbresuse | affy |
| numpy | limma |
| numba | GOfuncR |
| pandas | Rcpi |
| partd | UniProt.ws |
| plink | BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38 |
| plotly==4.4.1 | SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38 |
| psutil | TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene |
| python=3 | |
| pysam | |
| samtools | |
| seaborn==0.10.1 | |
| sympy |
Standard R-Python
Identifiant dans Moodle : cnam1
Interface Jupyter “Lab” ou Jupyter “Tree” (dans ce cas choisir “Cnam1tree” dans la liste des environnements).
Langages disponibles pour les notebooks :
- python version 3.6.11
- R version 4.0.3 (2020-10-10) – “Bunny-Wunnies Freak Out”
► Détails des paquets
| Packages python | Packages R |
| autograd | tidyverse |
| bokeh | reticulate |
| cython | mosaicdata |
| dask | data.table |
| dill | matrixStats |
| ipygany | |
| ipyleaflet | |
| ipympl | |
| ipywidgets | |
| matplotlib | |
| mayavi | |
| mpmath | |
| nbresuse | |
| networkx | |
| numba | |
| numpy | |
| osmnx | |
| pandas | |
| partd | |
| plotly | |
| psutil | |
| pyqt | |
| qtconsole | |
| seaborn | |
| sympy | |
| xlrd | |
| xlwt |
Deeplearning
Identifiant dans Moodle : deeplearning
Interface Jupyter “Lab”.
Langage disponible pour les notebooks :
- python version 3.6.11
► Détails des paquets
| Packages python |
| ipympl |
| ipywidgets |
| jupyterlab=2 |
| matplotlib |
| nbresuse |
| numpy |
| pandas |
| psutil |
| dill |
| partd |
| bokeh |
| dask |
| autograd |
| keras |
| tensorflow |
| scikit-learn |
| seaborn=0.10.1 |
| tqdm |
| scikit-image |
| Pillow |
| nbgitpuller |
| opencv-python-headless |
| pip |
| pytorch |
| torchvision |
| tslearn |
| gym |
| tqdm |
| nltk |
Intechmer
Identifiant dans Moodle : intechmerconda
Environnement éléboré spécifiquement pour l’Intechmer, avec l’interface RStudio et les packages sélectionnés par les enseignants, avec la particularité de lier dans l’environnement le dépot git de l’enseignant.
- R version 3.6.3 (2020-02-29) – “Holding the Windsock”
- python version 3.7.8
► Détails des paquets
| Packages python | Packages R |
| nbgitpuller | r-base=3.6 |
| r-tidyverse | |
| r-rmarkdown | |
| r-httr | |
| r-shinydashboard | |
| r-leaflet | |
| r-ggplot2 | |
| r-ggmap | |
| r-raster | |
| r-rgeos | |
| r-rgdal | |
| r-sp | |
| r-lubridate | |
| r-vegan | |
| r-ade4 | |
| r-bookdown | |
| r-worms | |
| r-readxl |
Mathématiques appliquées
Identifiant dans Moodle : bio
Interface Jupyter “Lab”.
Langages disponibles pour les notebooks :
- python version 3.8.5
- R version 3.6.3 (2020-02-29) – “Holding the Windsock”
► Détails des paquets
| Packages python | Packages R |
| ipympl | r-tidyverse |
| ipywidgets | r-reticulate |
| matplotlib | |
| nbresuse | |
| numpy | |
| pandas | |
| psutil | |
| dill | |
| partd | |
| bokeh | |
| dask | |
| autograd | |
| plotly | |
| sympy | |
| jupytext | |
| cython | |
| numba | |
| ffmpeg-python | |
| seaborn==0.10.1 | |
| docopt |
Octave
Identifiant dans Moodle : octave
Interface Jupyter “Lab”.
Langages disponibles pour les notebooks :
- GNU Octave, version 4.2.2
- python version 3.6.9
► Détails des paquets
| Packages système | Packages python |
| octave | gnuplot |
| octave-symbolic | jupyterlab |
| octave-miscellaneous | ipywidgets |
| python-sympy | texinfo |
| gnuplot | qt |
| ghostscript | pyqt |
| liboctave-dev | octave_kernel |
| gcc | |
| texlive-xetex | |
| texlive-fonts-recommended | |
| texlive-generic-recommended | |
| pandoc |
Rstudio
Identifiant dans Moodle : rstudio
Environnement proposant l’interface RStudio et la version de
- R version 3.6.3 (2020-02-29) – “Holding the Windsock”
► Détails des paquets
- tidyverse
- rmarkdown
- httr
- shinydashboard
- leaflet
- sf
- tmap
- mapview
Spatial
Identifiant dans Moodle : spatial1
- python 3.8.6
► Détails des paquets
| Packages système | Packages python |
| libgl1-mesa-glx | ipywidgets=7 |
| numpy | |
| matplotlib | |
| pandas | |
| numba | |
| scipy | |
| sympy | |
| vtk | |
| jsanimation | |
| mayavi |
Territoires et cartographie
Identifiant dans Moodle : crm205
- R version 3.6.3 (2020-02-29) – “Holding the Windsock”
► Détails des paquets
| Packages système | Packages python |
| libgdal-dev | tidyverse |
| libproj-dev | rmarkdown |
| libgeos-dev | httr |
| libudunits2-dev | shinydashboard |
| leaflet | |
| sf | |
| tmap | |
| mapview | |
| cartography |
Xeus-cling : kernel C++
Identifiant dans Moodle : cpp1
Interface Jupyter “Lab”.
Xeus-cling est un kernel Jupyter pour le langage C++ basé sur l’interpréteur C++ “cling” et sur l’implémentation native du protocole Jupyter “xeus”. Voir le project Xeus-cling sur github.
Langages disponibles pour les notebooks :
- C++ (11, 14, 17)
- python version 3.6.9